Para generar ganancias con una granja de cuyes es muy importante tener un buen programa sanitario y utilizar los desinfectantes adecuados porque existen enfermedades como la salmonella que pueden llegar hasta el 100% de mortalidad o como la neumonia o bronconeumonia que pueden llegar a niveles del 50-80% si hay un mal manejo sanitario y de bioseguridad en su granja. Las enfermedades principales se dividen en infecciosas digestivas y respiratorias (salmonella, neumonia, bronconeumonia, linfadenitis,cocciodiosis las principales), micoticas (hongos,dermatitis y pododermatitis) y parasitarias (acaros, piojos, pulgas, garrapatas los principales).
